Sous l'influence de la kryptonite rouge, Clark, qui vit à Metropolis, se retrouve impliqué avec un baron du crime du nom de Morgan Edge qui l'embauche pour s'introduire chez LuthorCorp.

Clark retourne chez lui, grâce à Jonathan. Mais Morgan Edge, le baron du crime, ne compte pas le lâcher de si tôt. Lex est de retour à la maison également et c'est l'heure de découvrir qui a vraiment provoqué son accident d'avion…

Clark retourne travailler et découvre que quelqu'un s'attaque aux personnes affectées par la Kryptonite. Sur la liste des prochaines victimes de l'assassin: Lex…et Clark. Mais cet assassin possède des balles en Kryptonite: le point faible de Clark.

Pourquoi Clark rêve-t-il de quelqu'un qu'il n'a jamais rencontré? Une jeune fille, plongée dans le coma depuis des années, demande l'aide de Clark en pénétrant dans ses rêves. Mais là où elle va, son pire cauchemar va très vite se réaliser.

Un journaliste se rend à Smallville, à la recherche d'histoires extraterrestres pour une émission de presse à scandales. Il n'est pas déçu, lorsqu'il est accidentellement témoin des pouvoirs de Clark. Son nom: Perry White.

Un journal vieux de 40 ans montre la photo d'un assassin qui ressemble trait pour trait à Clark. Ce dernier mène l'enquête et retrouve un médaillon étrange qui lui permet de voir des morceaux du passé…

C'est beaucoup plus que du magnétisme animal! Un étudiant utilise ses tous nouveaux pouvoirs magnétiques pour perturber le système de Lana, et la rendre complètement folle, voire de façon meurtrière, amoureuse de lui.

Sommes-nous en train de perdre Lex? Il pourrait faire des erreurs, mais avec l'aide de Clark, il va tenter de convaincre tout le monde qu'il est sain. Échappant de peu à la mort, Lana décide qu'une histoire d'amour avec Clark est trop dangereuse.

La tentative de Clark pour sauver Lex, qui doit subir des électrochocs pour effacer sa mémoire, le pousse à rentrer en conflit avec d'anciens ennemis. Lana rencontre Adam et le coup de foudre est réciproque.

Il est aveugle mais pas sans pouvoirs. Clark, devenu temporairement aveugle après avoir reçu une rafale dans les yeux, se rend compte que son corps a développé une super-ouïe qui va l'aider à localiser et secourir son ami Pete, kidnappé.

Clark tente d'écraser Chloé avec sa voiture. Il ne se souvient pas de qui vient de se passer. Lana tente à son tour de tuer Chloé. Qu'est-ce qui les pousse à agir ainsi ? Qui peut bien en vouloir à ce point à la jeune femme ?

Un nouveau venu au lycée peut prédire l'avenir et ce qu'il pressent pour Lana est effrayant. Deux et deux ne font pas quatre lorsqu'on étudie les arts martiaux, musicaux et les talents informatiques d'Adam.

Après que Pete ait volontairement interrompu une course de rue, les organisateurs menacent de le tuer. Il demande alors à Clark d'utiliser ses pouvoirs pour les arrêter.

Une étudiante, témoin involontaire des pouvoirs de Clark, possède également ses propres pouvoirs. Elle peut se téléporter et est tellement sous le charme de Clark qu'elle en use pour être en permanence à ses côtés.

Pendant que Jonathan subit une opération à cœur ouvert, Clark, à l'hôpital, se lie d'amitié avec un jeune garçon dont le frère vient de mourir d'une maladie du foie. Mais ce frère réapparaît le lendemain.

Clark reçoit un appel paniqué de Lana et entend un coup de feu juste avant que la ligne coupe. Mais le coup de fil provient non pas du présent, mais du futur. Le destin peut-il être évité? Si ce n'est pas le cas, Lana va mourir.

Lionel plonge plus profondément dans son obsessive recherche, Jonathan reçoit des messages non fondés de Jor-El et l'homme qui peut aider Clark à comprendre les évènements qui se jouent autour de lui est le scientifique milliardaire Virgil Swann.

Quand Chloé inhale par accident un mystérieux krypto-gaz, elle attrape un mystérieux pouvoir qui est le rêve de tout reporter et le cauchemar de tous les autres - elle peut forcer n'importe qui à dire la vérité.

Le passé est un prologue. Des évènements-clés dans les histoires respectives de Lex et Clark vont les conduire - pour Lex volontairement et pour Clark involontairement - à rejoindre un programme d'expérimentation pour retrouver leurs souvenirs.

Lorsqu'un indien Kawatche dérobe un couteau mythique provenant des grottes, il acquiert des super-pouvoirs identiques à ceux de Clark, ce qui amène le jeune homme à penser qu'il est le légendaire Naman, 'l'homme qui est tombé des étoiles.

L'honnêteté est-elle la meilleure politique pour Clark? Espérant convaincre Lana de rester, il décide de lui révéler son secret. Chloé apporte à Lex une preuve qui pourrait bien mettre Lionel en prison pour meurtre.

Une jolie fille, dotée de super-pouvoirs, assure venir de Krypton et essaye de convaincre Clark de la rejoindre pour accomplir sa destinée. Lionel est en prison mais il pourrait désormais manipuler les événements d'une manière bien plus meurtrière.