Sheppard et Ronon sont piégés sous une base effondrée, et McKay et Lorne sont coincés sous d'autres débris. Le croiseur Wraith amiral de Michael se dirige vers la base alors que Carter mène une mission de sauvetage. Qui les atteindra en premier ?

Quand le Dr Keller ne vient pas à son travail, ses coéquipiers sont choqués de la retrouver inconsciente dans ses quartiers. Alors que la situation se complique sur Atlantis, Woolsey devra prendre une décision qui pourrait coûter la vie de Keller.

Pendant une mission hors-monde, Ronon (Jason Momoa) est pris en embuscade et capturé par son ancien ami Tyre (Mark Dacascos), qui le remet aux Wraiths. Alors que l'équipe cherche une piste pour retrouver leur ami, Ronon subit un calvaire.

Un problème de moteur à bord d'un mystérieux double du Dédale envoie l'équipe dans une série de réalités alternatives où ils rencontrent des formes de vies extraterrestres sinistres, un soleil accablant et une bataille spatiale au-dessus d'Atlantis.

Après une série d'anomalies et de coupures de courant, l'équipe d'Atlantis doit prendre une décision impossible : trouver un moyen de libérer une mystérieuse entité ou la regarder détruire systématiquement l'infrastructure technologique de la cité.

De retour sur Atlantis, McKay tombe étrangement malade. Craignant le pire, le docteur appelle la sœur de McKay pour qu'elle lui dise adieu. Mais Ronon parle à Jeannie d'un lieu qui donnerait un jour à Rodney pour redevenir lui-même avant de mourir.

Le Dr Beckett (Paul McGillion) est forcé de reporter son départ d'Atlantis lorsque le major Anne Teldy (Christina Cox) et son équipe découvrent l'un des laboratoires abandonnés de Michael dans un vaste réseau souterrain de catacombes.

Keller et l'équipe d'Atlantis rencontrent le Wraith Todd et lui font une proposition stupéfiante. Keller pense pouvoir "guérir" le besoin qu'ont les Wraiths de se nourrir d'humains, mais a besoin d'un cobaye pour ce traitement révolutionnaire.

McKay et Ronon se portent volontaire pour aider le Dr Jennifer Keller lors d'un suivi médical loin d'Atlantis. Après l'avoir laissée travailler, ils reviennent et sont surpris d'apprendre qu'elle est partie. Ils ne trouvent plus aucun signe d'elle.

Le Dr Daniel Jackson (Michael Shanks) de SG-1 débarque sur Atlantis. Ses recherches suggèrent qu'un scientifique Ancien dissident nommé Janus (Gildart Jackson) a peut-être caché un laboratoire quelque part dans la cité.

Jackson et McKay ont réactivé l'appareil Attero, une machine conçue par les Anciens pour annihiler les Wraiths. Se faisant, ils découvrent pourquoi elle a finalement été abandonnée... Pendant ce temps, Todd retient toujours l'équipage du Dédale.

Le colonel Sheppard et son équipe retrouvent le Dr Carson Beckett sur une planète extraterrestre, où il soigne un petit groupe de survivants à l'épidémie Hoffan. Mais le soir même, un groupe de guerriers Wraiths arrive, menaçant de les annihiler.

Une coalition galactique récemment formée invite le lieutenant-colonel John Sheppard et son équipe à représenter Atlantis à leur prochaine réunion. Mais dès son arrivée, l'équipe est arrêtée et doit être jugée pour crimes contre l'humanité.

Atlantis est soudain plongée dans le noir, épargnant seulement le tiers supérieur de la tour centrale. Quand Sheppard et McKay tentent de se rendre au dernier niveau, ils découvrent qu'un champ de force a été établi pour les empêcher d'y accéder.

Richard Woolsey (Robert Picardo) tente de garder son poste de chef d'Atlantis, McKay (David Hewlett) et Zelenka (David Nykl) enquêtent sur une mystérieuse découverte, et Sheppard est capturé par un vieil ennemi qui veut envahir la cité.

Quand l'équipe d'Atlantis reçoit deux semaines de congés, le Dr Rodney McKay accepte une invitation de son ancien rival, Malcolm Tunney, pour assister à une démonstration scientifique de ce qu'il prétend être la solution au réchauffement climatique.

L'équipe se prépare au pire en montant à bord d'un vaisseau Wraith au-dessus d'Atlantis. Ils sont surpris de trouver l'équipage Wraith en stase. Mais une panne du vaisseau libère les membres d'équipage restant, devenus cannibales pour survivre.

Quand le Dr Jennifer Keller commence à se comporter très bizarrement, des examens poussés ne révèlent rien d'anormal. Mais l'enquête de McKay le conduit à penser que le Dr Keller et Neeva Casol, une criminelle notoire, ont échangé de corps.

Dans un univers parallèle, l'inspecteur John Sheppard de la police de Las Vegas enquête sur une série d'étranges meurtres qu'on pense être l'œuvre d'un tueur en série bizarre. La vie a-t-elle changée, ou est-ce un plan maléfique des Wraiths ?

Surpris par le départ soudain du vaisseau ruche, l'équipe intercepte un signal subspatial Wraith. Une fois déchiffré, leur craintes sont confirmées. Le message Wraith contient des coordonnées familières : le vaisseau ruche se dirige vers la Terre !