Quand Atlantis commence à s'éteindre car son système d'énergie est endommagé, Rodney McKay désactive tous les systèmes non essentiels. Mais McKay comprend que, dans 28 heures, les boucliers lâcheront et les habitants mourront dans le vide spatial.

Le lieutenant-colonel Sheppard mène une attaque risquée pour voler un E2PZ pouvant sauver Atlantis. Les Réplicateurs se rendent compte de leur incursion et l'équipe de Sheppard doit les tenir à distance pour réussir la mission et sauver Atlantis.

Ronon reprend contact avec un groupe de Satedans de son passé qui demande l'aide de l'équipe Atlantis pour une dangereuse mission contre les Wraiths. Mais l'équipe Atlantis est capturée et Ronon découvre la vérité sur la loyauté de ses anciens amis.

En explorant une planète recouverte de jungle, Sheppard touche une protubérance de cristaux brillants et devient l'hôte d'une forme d'énergie contagieuse. Sur Atlantis, l'entité passe de personne en personne, mettant toute l'équipe en danger.

En rentrant sur Atlantis, Sheppard est capturé par un vaisseau renégat commandé par une humaine impitoyable aux motivations secrètes. Alors que son équipe le recherche, l'ingéniosité de Sheppard est mise à l'épreuve et il tente de survivre.

Atlantis est victime d'un virus qui rend amnésique. McKay se réveille sans savoir qui il est ni ce qui se passe. Suivant les instructions d'une vidéo qu'il avait enregistrée plus tôt, McKay se libère et part chercher la clé pour résoudre ce mystère.

En arrivant sur New Athos, Teyla et le Dr Keller trouvent la colonie abandonnée. Leurs vies sont vite menacées par les Bola Kai, une tribu de guerriers féroces. Le duo doit éviter d'être capturé jusqu'à ce qu'Atlantis envoie une équipe de recherche.

Toujours sans nouvelles des Athosiens, Teyla demande une visite hors-monde pour aller voir un prophète, Davos, qui pourrait l'aider à les retrouver. Sur Atlantis, l'agent Woolsey arrive pour observer et évaluer le colonel Carter.

Après avoir travaillé des heures sur le code des Réplicateurs, le Dr McKay admet à contrecœur qu'il a besoin de l'aide de sa sœur Jeannie. Mais elle disparaît, et McKay va sur Terre pour la retrouver et découvrir qui est responsable de l'enlèvement.

Alors que le Dr McKay essaie de savoir pourquoi la porte ne fonctionne plus depuis une semaine, une mystérieuse sonde tombe dans la cité. Un décryptage de l'objet offre à McKay un aperçu de son code nanite, mais son programme de diagnostique plante.

Équipée d'un moyen de localiser les vaisseaux Réplicateurs, l'équipe d'Atlantis veut plus que jamais les éliminer pour de bon. Ils se précipitent pour évacuer les colonies humaines qui sont sur la route des Réplicateurs, dont les forces avancent.

Les senseurs à longue portée d'Atlantis détectent le signal d'un appareil de localisation subspatial que le Dr McKay reconnaît. L'équipe suit le signal jusqu'à un vaisseau ruche à la dérive dont les archives mentionnent une base secrète Wraith.

Quand une alarme retentit, McKay soupçonne qu'une maladie contagieuse a déclenché le système de mise en quarantaine. Des systèmes vitaux sont affectés, et l'équipe d'Atlantis se retrouve bloquée dans diverses sections de la cité, sans aucune issue.

Pour maintenir des relations diplomatiques, Sheppard et McKay acceptent d'accompagner Harmonie, une jeune princesse précoce, lors d'un rite de passage obligatoire. Mais ils ignorent qu'elle a des ennemis et un caractère qu'il faut gérer.

Quand le colonel John Sheppard apprend que son père est décédé, il retourne sur Terre. Mais une fois sur place, il se retrouve mêlé à une expérience qui a mal tourné : un Réplicateur à forme humaine s'est échappé et doit être recapturé à tout prix.

Pendant une mission hors-monde dans un village victime de secousses sismiques intenses, Carter, McKay et le Dr Keller se retrouvent coincés après être tombés dans une crevasse. Mais chaque tentative de s'en sortir les met encore plus en danger.

Le CIS a demandé à M. Coolidge d'interroger Teyla Emmagan et Ronon Dex pour déterminer s'ils peuvent rester avec l'expédition Atlantis. Mais à l'insu de tous, les Wraiths préparent un plan pour aborder la station Midway.

Teyla, plus déterminée que jamais à retrouver les Athosiens disparus, convainc Sheppard de partir avec elle sur une colonie pour trouver des réponses. Ce qu'ils y trouvent les conduit à une découverte surprenante que personne n'aurait pu anticiper.

Après son retour inattendu, le Dr Carson Beckett révèle qu'il était retenu prisonnier. Alors que Teyla retrouve certains des Athosiens disparus, elle prépare un plan pour assurer leur évasion, si elle peut les trouver à temps.

Démoralisé par une nouvelle recherche sans succès de Teyla, le lieutenant-colonel Sheppard rentre sur Atlantis et sent que quelque chose ne va pas : la cité a été abandonnée. Mais McKay a un plan risqué pour réparer un futur qui a très mal tourné.