Lors d'une conférence des leaders de l'industrie des mesures anti-Kaii, le "système Alice" de Shigemoto est rejeté, faute de résultats prouvés. Il se lance dans un énorme projet dangereux pour prouver ses capacités en remettant en cause les jeux de pouvoir et les attentes de l'industrie. En parallèle, une certaine personne fait une proposition suspecte à Koshigaya et met son père en difficulté.

Kana et Koshigaya vont au CNRM pour exterminer une nouvelle espèce de Kaii. Guidées par Akasaka, elles font face à un spécimen de Kaii apparemment invincible défiant le bon sens. En coulisses, des intentions cachées au sujet des règles sur la magie causent des tensions alors que le Kaii mute contre toute attente. Dans une course contre la montre, les talents de Magilumière sont mis à l'épreuve.

Les Magical Girls de Magilumière et d'AST sont simultanément confrontées à une nouvelle espèce de Kaii déchaînés. Koshigaya propose à Tsuchika d'enterrer la hache de guerre, mais ne parvient qu'à attiser les tensions entre leurs sociétés. Le Kaii inconnu mute rapidement sous l'influence de la magie, et une certaine personne assure la fonction d'opérateur pour la bataille à venir.

Magilumière et AST font équipe dans une combat désespéré contre le Kaii de classe C qui mute rapidement. Magilumière emploie des tactiques peu conventionnelles en fluctuant entre attaque et défense, tandis que Kana collecte des données pour prendre le contrôle. Malgré son déséquilibre apparent, entre prouesse physique, contrôle et assistance de haut niveau, l'équipe prépare sa contre-attaque.

Magilumière commence à recruter des ingénieurs pour promouvoir le système Alice. Kana peine à montrer l'attrait de la société en supervisant le processus d'entretiens. Ainsi, une équipe inattendue se forme et crée une nouvelle ambiance. Quand trouver de nouveaux talents s'avère difficile après avoir tenté de s'améliorer en combat, Magilumière se rend à Kyoto pour des conférences et des interviews.

À Kyoto, Magilumière rencontre le candidat au poste d'ingénieur, Yamimori, talentueux mais qui peine à coopérer. Alors que sa compatibilité avec l'équipe est remise en cause, il semble cacher des sentiments liés à son amie d'enfance, Sakae, et à ses valeurs personnelles. Pendant ce temps, à un festival au sanctuaire Tonomori, un rituel libère un Kaii alors qu'une ombre menaçante rôde en coulisses.

Au point culminant de la cérémonie du sanctuaire Tonomori, un Kaii inconnu pénètre une barrière estimée sûre, plongeant la zone dans le chaos. La barrière bloque les forces extérieures, séparant l'équipe de Magilumière. Makino et Akasaka sont contraintes à se battre au sein de la zone alors que Nikoyama cherche une ouverture. Le temps est compté, et chaque décision affectera l'issue.