Bizarro a réussi à s'évader et Clark doit l'affronter. Mais la violence du combat entraine la destruction du barrage. Lex se retrouve coincé dans une voiture de police submergée au fond des eaux et Lois tente de sauver Chloe, inconsciente...

La mort de Lana est un coup dur pour Clark, qui décide de quitter Smallville. Mais il découvre un vaisseau spatial. Kara s'interpose. Lex est disculpé de l'accusation du meurtre de Lana. La pensant vivante, il part à sa recherche.

C'est la 100ème fête annuelle de la récolte, et son élection de la reine du maïs. Kara décide de s'inscrire. Quand à Clark, il n'en croit pas ses yeux quand Lana, qu'il croyait toujours morte vient lui rendre visite.

Curtis Knox, savant employé par Lex Luthor, a trouvé le moyen de priver les krypto-monstres de leurs capacités. Mais une fois libérés, ils disparaissent. Chloé prend rendez vous avec ce spécialiste. Clark est mis en garde contre Kara...

Smallville attire les médias avec le tournage d'un film. L'actrice principale est sauvée par Clark d'un accident qui serait une tentative de meurtre. Des fans n'apprécient pas que l'héroïne reste en vie dans le film alors qu'elle meurt dans le comic.

Clark apprend que Kara est partie pour Washington pour rechercher son cristal, seul lien avec sa planète. La Sécurité Intérieure lui administre un sérum de vérité : Kara est déjà venue sur Terre. Clark tombe également victime du sérum.

Lana absorbe les pouvoirs de Clark. Elle décide d'utiliser ses nouveaux talents pour coincer Lex. Grant ne veut pas les preuves que Lana a volé, et elle décide de s'occuper de Lex elle-même. Clark découvre alors la femme qu'il aime sous un autre jour...

Troublé, Clark entend la voix de Lara l'appeler via le cristal de Kara. Il décide de la libérer en dépit des avertissements de Jor-El. Lara donne à Clark la bague de Jor-El. Alors que Clark met la bague , il réalise que Zor-El a en réalité tout manigancé.

Clark revient à Smallville décidé à aider Lana. Elle accepte et livre à Clark toutes les informations qu'elle possède, sans savoir qu'au même moment quelqu'un menace de tuer Chloé si Lois n'accepte pas d'écrire un article sur Lex...

Bizarro s'accapare la vie de Clark. Lana informe Bizarro sur les agissements d'un tueur en série. Persuadé qu'il s'agit de Brainiac, Bizarro se lance à sa recherche. Chloé se rend compte que Clark agit bizarrement.

Oliver Green est de retour en ville ! Chloe intercepte un dossier de Lex, mais une femme l'attaque et intercepte les données. Clark est mécontent lorsqu'il apprend qu'Oliver a embarqué Chloé sur une affaire qui a mis la vie de son amie en danger...

Lex a retrouvé la trace de Kara. Elle souffre d'amnésie et est retenue captive. Craignant que Lex ne l'éloigne d'elle, Finley le blesse grièvement et prend Loïs en otage. Pour sauver Lex, Lois et Kara, Clark doit se livrer à une dangereuse expérience…

Pete Ross, le vieil ami de Clark et Chloé est de retour. Mais ils constatent qu'il agit bizarrement et a un super-pouvoir. Lex le découvre et tente de profiter de Pete pour connaitre le secret de Clark. Lex héberge Kara au manoir pour se servir d’elle…

Clark est capturé et retenu prisonnier dans une cellule. Découvrant la vérité, Chloé et Lana emmène Kara à la forteresse et implorent Jor-El de lui rendre sa mémoire et ses pouvoirs, car elle seule peut sauver Clark.

Kara enseigne à Clark comment voler pour vaincre Brainiac, qui s'en prend à Lana. Loïs fait équipe avec Jimmy pour percer le mystère de la mort de Patricia Swann tandis que de son côté, Lex met tout en oeuvre pour percer le secret du cercle Veritas…

Lex est prêt à tout pour découvrir le secret de Véritas, même si cela doit le conduire à tuer…et à l'opposer à Clark, justement est inquiet pour Lana. Mais, le plus important est d'empêcher Lex de percer son secret...

Clark cherche désespérément Kara et Brainiac, et pousse Chloé à pirater les ordinateurs du gouvernement pour le localiser, sans se douter que des alarmes se sont déclenchées. La Sécurité nationale force alors Jimmy à l’espionner tel un agent double…

Le sort de la planète dépend de Clark contraint de stopper Brainiac. Impuissant face à cette situation, Clark demande à son père comment aurait été le monde s'il n'avait jamais été envoyé à Smallville...

Lex est attaqué par un inconnu. Chloé et Clark enquêtent et découvrent qu'un membre du clan Veritas a survécu. Clark et Lex veulent chacun être le premier à trouver ce personnage, qui détient la clé de la survie de Clark.

Kara dit à Lex qu'il est destiné à défier le voyageur et l'emmène à la forteresse pour l'aider à le vaincre. Il s'agit de Brainiac sous les traits de Kara. Chloé est arrêtée par de département de la sécurité intérieure et Lana se réveille de son coma.