Quand leur alliance temporaire avec les Wraiths se finit mal, l'équipe Atlantis doit empêcher deux vaisseaux ruches Wraiths d'atteindre la Terre. Weir donne l'ordre d'attaquer et Sheppard doit compter sur Michael pour sauver McKay et Ronon.

Après avoir réussi à transformer un vaisseau ruche Wraith entier en humains avec le rétrovirus, l'équipe retourne sur Atlantis avec leurs prisonniers en stase. Weir continue de défendre ses qualités de dirigeante face à une enquête de l'IOA.

L'équipe découvre un village avec un chef vénéré. Beckett devient si épris de son hôte qu'il le ramène sur Atlantis. Mais McKay découvre bientôt que Lucius se sert de phéromones pour enchanter ceux autour de lui.

En explorant un village, l'équipe est attaquée et emprisonnée car Ronon y a autrefois attiré les Wraiths sans le savoir. Sheppard et Teyla sont libérés et organisent une équipe d'assaut. Quand ils reviennent, le village a été dévasté.

Le Dr McKay découvre une référence à un site de test abandonné des Anciens. Sur place, l'équipe découvre une vaste métropole peuplée de millions d'Anciens. Impatiente de créer une alliance, Weir est choquée quand leur chef, Oberoth, refuse l'offre.

En se réveillant dans un hôpital psychiatrique sur Terre, Weir est choquée d'apprendre qu'elle a imaginé toute son expérience à Atlantis ces deux dernières années. Elle découvre qu'elle souffre de psychose délirante suite à un accident de voiture.

Appelée sur une planète par un code de communication, l'équipe est prise en embuscade par Kolya qui a fondé sa propre faction de Geniis après avoir été banni du cercle intérieur. Le reste de l'équipe parvient à s'échapper, mais Sheppard est capturé.

McKay est rappelé sur Terre pour convaincre sa sœur avec qui il ne parle plus, Jeannie Miller, d'aider l'Air Force. McKay et Jeannie vont sur Atlantis et commencent l'expérience qui se passe bien jusqu'à ce qu'un McKay d'un univers parallèle arrive.

L'équipe du major Leonard ne donne plus de nouvelles à Atlantis lors d'une mission. En suivant la signature énergétique et pour les retrouver, McKay mène une équipe dans une grotte où il découvre que la source de l'énergie est un générateur Wraith.

Les Anciens désormais éveillés rencontrent O'Neill et Woolsey, les remercient d'avoir pris soin de la cité en leur absence et leur disent de quitter Atlantis. Ronon et Teyla restent dans la galaxie de Pégase, les autres retournent sur Terre.

O'Neill et Woolsey, les seuls survivants du coup d'état sanglant des Réplicateurs, se cachent dans une section abandonnée de la cité. Sachant que Landry a l'ordre de détruire Atlantis si elle est capturée, ils se retrouvent abandonnés à leur sort.

Teyla commence à voir des apparitions d'Anciens en détresse et croit que ce sont les fantômes des Anciens massacrés par les Réplicateurs. McKay pense avoir trouvé la baleine qui l'a sauvé un an plus tôt quand il était piégé dans le jumper submergé.

L'équipe entend parler d'un grand guerrier qui aurait vaincu les Geniis et les Wraiths et part à sa recherche, espérant trouver un nouvel allié. Mais quand ils apprennent que ce guerrier est Lucius, ils croient que c'est un autre de ses tours.

Dans le but de préserver de l'énergie en éteignant tous les systèmes non essentiels que les Anciens avaient récemment activés avant d'être tués par les Réplicateurs, McKay est frappé par un rayon d'énergie d'un mystérieux appareil.

Lorne découvre une planète avec des satellites en orbite. Mais les habitants de la planète ont un niveau technologique digne de la Renaissance et arborent un drapeau avec la tête de McKay. L'équipe découvre les conséquences réelles d'un jeu.

Explorant une station spatiale abandonnée, McKay fait accidentellement sortir un scientifique de stase. Il explique à l'équipe que la base était le dernier espoir de son peuple pour échapper aux massacres répétés entre les mains des Wraiths.

La cité entière reçoit l'ordre de prendre un jour de congé et l'équipe fait de son mieux pour se reposer et se détendre. Sans prévenir, une mystérieuse explosion dévaste la cité, tuant et blessant des citoyens.

L'équipe cherche une station de forage géothermale mobile laissée en sommeil par les Anciens au fond de l’océan. En explorant la station, Teyla pense sentir un Wraith. Weir, pensant que la pression affecte Teyla, dit à l'équipe de continuer.

L'équipe se rend compte qu'elle n'a plus eu de nouvelles des Taraniens depuis longtemps après leur déplacement. Il semblerait qu'ils aient abandonné leur village, mais McKay détecte des signes de vie bien en dessous de la surface.

L'équipe est prise de court quand un satellite avec une porte des étoiles se met en orbite au-dessus d'Atlantis. Quand la porte des étoiles commence à émettre un rayon d'énergie, McKay fait comme les Anciens et replonge la cité sous l'océan.