Alors que la bataille contre les Oris continue, l'équipe séparée tente d'élaborer un plan pour vaincre l'ennemi. À bord d'un vaisseau Ori, Vala (Claudia Black) voit son nouveau-né grandir rapidement et être formé pour diriger l'armée des Oris.

En mission pour retrouver l'arme capable de vaincre leur puissant ennemi, l'équipe découvre une planète dont les habitants ont succombé à une mystérieuse maladie. Sans le savoir, ils en sont déjà victimes. Avec Ben Browder et Michael Shanks.

SG-1 se rend à Atlantis pour consulter la base de données des Anciens afin de trouver des indices sur le lieu où pourrait être cachée l'arme de Merlin. Pendant que Vala et Daniel interrogent l'hologramme de la bibliothèque de la cité, Carter et McKay cherchent un moyen d'empêcher une nouvelle super-porte Oris de fonctionner.

Le SG-1 est menacé par l'approche d'un vaisseau goa'uld. Ils l'abattent et découvrent que celui qui le conduisait n'est autre que Ba'al. Prisonnier du SG-1, Ba'al leur avoue qu'il sait où se trouve l'arme de Merlin, mais que pour leur en révéler l'emplacement, l'équipe devra détruire ses clones qui se sont rebellés contre lui.

Pour mieux se connaître, le général Landry invite le SG-1 à passer un week-end paisible dans la maison de campagne du général O'Neill. Mais Vala, Sam et Teal'c sont retenus à la base. Seuls à la campagne, Mitchell et Landry improvisent une partie de chasse mais doivent faire face à une menace inquiétante…

Mitchell se prépare à passer la Porte des étoiles pour la 200ème fois, mais une avarie matérielle cloue l'équipe à la base. Martin Lloyd, l'alien qui a créé une série télévisée d'après les aventures de SG-C est de retour à la base pour recueillir l'avis des membres de SG-1 sur son prochain film.

Sur une planète récemment conquise par les Oris, SG-1 assiste au sermon d'un prêtre, suivi par un discours d'Adria. Soudain un puissant éclair s'abat sur la planète annihilant toute forme de vie sur la planète, y compris le prêtre. Seuls Adria et SG-1 sortent indemnes de ce massacre.

Quand Vala (Claudia Black) est enlevée par des membres de Confrérie sous les ordres d'Athéna, un accident lui fait perdre la mémoire. Elle ne se souvient plus ni qui elle est ni d'où elle vient. Avec Ben Browder, Amanda Tapping et Michael Shanks.

Le lieutenant-colonel Cameron Mitchell (Ben Browder) part en mission d'infiltration pour retrouver l'Odyssée, qui, selon SG-1, a été volé par l'Alliance luxienne. Avec Amanda Tapping, Christopher Judge, Claudia Black, Beau Bridges et Michael Shanks.

SG-1 trouve la planète où est censé se trouver le Graal. Obligés de former une alliance temporaire avec Adria (Morena Baccarin) et Ba'al (Cliff Simon), tous se lancent dans une quête pour le retrouver. Avec Ben Browder et Michael Shanks.

Après avoir découvert le corps congelé de Merlin (Matthew Walker), SG-1 l'aide à construire le Saint Graal avant qu'Adria (Morena Baccarin) et son armée d'Oris ne puissent les retrouver. Avec Ben Browder, Amanda Tapping, et Michael Shanks.

Mitchell, Carter et Teal'c arrivent sur une planète menacée par les Oris. Afin de protéger les habitants de l'invasion imminente, ils décident d'employer une technologie de Merlin pour transporter tout un village dans une autre dimension. Durant l'assaut, Sam Carter est sérieusement blessée et Vala est enlevée par le chef Oris, Tomin, le père d'Adria.

Une expérience tourne mal, envoyant le lieutenant-colonel Samantha Carter (Amanda Tapping) dans une réalité parallèle où la loi martiale a été instaurée et où la Terre est attaquée par les Oris. Avec Ben Browder, Christopher Judge et Michael Shanks.

Quand les membres de SG-1 apprennent qu'un nouveau Prêcheur répand la parole des Oris de façon plus humaine que ce qu'ils connaissent, leur curiosité est piquée. Cameron, Vala, Teal'c et Carter se rendent sur la planète qui a été visitée et y font une découverte surprenante : ce Prêcheur n'est autre que Daniel Jackson…

Après la destruction d'une de ses cargaisons, Netan décide que le seul moyen d'arrêter les membres de SG-1 est de mettre leurs têtes à prix. Des chasseurs de primes partent alors sur Terre pour traquer Jackson, Carter et Teal'c.

Les membres de l'équipe SG-1 débarquent accidentellement dans un musée où ils sont pris pour des rebelles. Enfermés avec des civils dans le musée, ils endossent le rôle de preneurs d'otages qu'on leur attribue pour se sortir de cette situation.

Une attaque terroriste lors d'un sommet entre les leaders Jaffa fait de nombreuses victimes et laisse Bra'tac entre la vie et la mort. Teal'c décide de partir en solitaire pour se venger. Il est persuadé qu'Arkad, un traître jaffa, a commandité l'attentat qui risque de coûter la vie à son ami.

Le père de Vala, Jacek, entre en contact avec le SG-C pour vendre des informations concernant le complot d'Arkad, qui visait une série d'attaques contre la Terre En échange de sa collaboration, Jacek demande refuge sur Terre. Bien que Vala n'ait aucune confiance en lui, le SG-C accepte le marché.

Lors d'un plan visant à utiliser Vala Mal Doran (Claudia Black) comme appât afin de capturer Adria (Morena Baccarin), SG-1 est prise de vitesse par Ba'al (Cliff Simon), qui intercepte Adria et prévoit de l'utiliser pour son propre plan maléfique.

Au bord de l'extinction, les Asgards transmettent tout leur savoir et leurs technologies à SG-1, mais les Oris lancent une attaque pour s'interposer. Avec Ben Browder, Amanda Tapping, Christopher Judge, Beau Bridges et Michael Shanks.