Le Lieutenant Cameron Mitchell, glorieux rescapé de la bataille de l'Arctique contre les Wraith, prend le commandement de SG-1 aux côtés du général Laundry, remplaçant et ami d'O'Neil. Mais à la grande déception de Cameron, l'ancienne équipe d'explorateurs n'est plus : Sam Carter est en zone 51, Teal'c est retourné auprès de son peuple et Daniel Jackson voyage vers Atlantis.

Après avoir eu raison des énigmes de la grotte d'Avalon, Daniel fait une découverte capitale en feuilletant un livre faisant référence aux Alterans. En effet, ces derniers seraient venus sur Terre puis auraient construit des « Astria Porta », ce qui le laisse conclure que les Anciens venaient d'un monde bien plus lointain que ce qu'il pensait.

Dans la galaxie lointaine, Daniel rencontre Doci, le grand prêtre Oris, dont la destinée est d'amener les humains croyants à l'illumination. Maintenant que ces redoutables religieux ont découvert l'existence de nouvelles civilisations, des prêcheurs Oris sont envoyés dans la galaxie pour convertir des populations entières et déclarer la guerre aux infidèles.

Afin de défaire les liens psychiques qui les unissent toujours une fois les bracelets Jafa retirés, Daniel et Vala, escortés par Cameron et Teal'c, rendent visite au dernier propriétaire des bijoux pour qu'il rompe le charme. Alors que la menace Orii grandit, la mission SG-1 est mise sous tutelle pour ne pas perdre les crédits alloués.

Vala mène le SGC sur une planète où elle est adorée en tant que déesse Qetesh, dont elle usurpe le nom depuis des années, auprès d'un peuple peu éclairé et convoité par un prêcheur Orii. Pour prouver aux habitants que les Orii ne sont pas des vrais dieux, elle avoue sa supercherie et se retrouve devant un tribunal.

Nerus, chef Go'auld, prévient le colonel Laundry de l'invasion imminente des Orii par l'intermédiaire d'une planète Jafa dont l'ennemi bloque la porte des étoiles grâce à un champ magnétique.

Les Jaffas ont repéré avant tout le monde la présence de Ba'al sur Terre où il se fait passer pour le dirigeant d'une multinationale et un personnage public. Craignant la traque sans merci des Jaffa et des humains, Ba'al menace de faire exploser une bombe au naquadah dissimulée quelque part sur le sol américain.

L''équipe essuie une attaque surprise des guerriers Sodan, des Jaffa qui blessent et capturent le colonel Mitchel. Ce dernier est conduit au village où il est entraîné pour le combat de la mort, un rituel destiné à réparer sa faute.

Sur une planète à l'accès curieusement sécurisé, l'équipe ramène au SGC un cobaye humain nommé Khalek, laissé en stase dans un laboratoire Goa'uld, et sur qui est décelé l'ADN d'Anubis. A l'instar de son procréateur, les pouvoirs de Khalek sont illimités et son ascension est imminente. Alors que Daniel Jackson conseille d'éliminer cette terrible menace, le gouvernement propose de l'étudier.

Les Ori, réalisant qu'ils ne parviendront jamais à convertir la Terre, décident d'utiliser leur virus afin d'en éliminer les habitants. Orlin intervient en reprenant forme humaine et utilise ses connaissances pour aider Carter. Parallèlement, Gerak devient un prêcheur Ori.

Alors que le Jaffa Gerak rassemble ses forces contre eux, l'équipe SG-1 doit trouver un antidote contre l'épidémie mortelle des Oris avant qu'elle ne se répande mondialement. Avec Ben Browder, Michael Shanks, Amanda Tapping et Christopher Judge.

Les choses se compliquent pour SG-1 quand le lieutenant-colonel Cameron Mitchell est victime d'une dangereuse technologie qui permet aux gens de partager leurs souvenirs. Avec Ben Browder, Michael Shanks, Amanda Tapping et Christopher Judge.

En raison d'un dysfonctionnement de la Porte des étoiles, plusieurs réalités parviennent simultanément aux commandes du vaisseau et sèment le trouble en créant différentes versions de l'équipe de SG-1.

Daniel s'inquiète quand Teal'c disparaît soudainement en enquêtant sur de la corruption. Ses peurs sont confirmées quand il apprend que des Jaffas sont enlevés et endoctrinés. Avec Ben Browder, Michael Shanks, Amanda Tapping et Christopher Judge.

SG-1 part détruire une gigantesque arme dévastatrice inventée par leurs puissants ennemis, les Oris, qui menace d'annihiler la Fédération calédonienne et son peuple. Avec Ben Browder, Michael Shanks, Amanda Tapping et Christopher Judge.

Hank Landry (Beau Bridges) et le reste de l'équipe SG-1 préparent une offensive en apprenant que le Goa'uld Ba'al est aux États-Unis et qu'il regagne du pouvoir. Avec Ben Browder, Michael Shanks, Amanda Tapping et Christopher Judge.

Des insectes génétiquement modifiés deviennent avides de chair humaine, forçant SG-1 à les détruire avant qu'eux et les diplomates internationaux en visite n'en soient victimes. Avec Ben Browder, Michael Shanks, Amanda Tapping et Christopher Judge.

Alors que Teal'c part enquêter sur une planète Jaffa, Mitchell, Carter et Daniel sont "déphasés" en testant une très puissante machine ancienne. Avec Ben Browder, Michael Shanks, Amanda Tapping et Christopher Judge.

Le SG-1 est averti par Vala que les Oris s'apprêtent à lancer leur invasion. Ils construisent des vaisseaux de guerre et persuadent leurs fidèles de se préparer à une gigantesque croisade interstellaire.

Alors que l'armée des Oris approche, le lieutenant-colonel Cameron Mitchell et Daniel Jackson cherchent désespérément un appareil qui détruira leurs ennemis pour de bon. Avec Ben Browder, Michael Shanks, Amanda Tapping et Christopher Judge.